1、建设投资大，系统庞大复杂。比一般常温物流系统的要求更高、更复杂，建设投资也要大很多，是一个庞大的系统工程。

2、时效性。要求各环节具有更高的组织协调性。由于易腐食品的时效性，要求冷链体系中的各个环节具有更高的组织协调性，所以食品冷链的运作始终是和能耗成本相关联的，有效控制运作成本与食品冷链的发展密切相关。

3、高成本性。为了确保生鲜果蔬等在流通各环节中始终处于规定的低温条件下，必须安装温控设备，使用冷藏车或低温仓库，采用先进的信息系统等。农产品冷链物流的成本要比其他物流系统成本偏高。

农产品冷链物流：农产品冷链物流泛指水果、蔬菜、肉类等物品在生产、贮藏运输、销售，到消费前的各个环节中始终处于规定的低温环境下，以保证物品质量和性能的一项系统工程。它由冷冻加工、冷冻贮藏、冷藏运输及配送、冷冻销售四个方面构成。冷链物流需要综合考虑生产、运输、销售、经济和技术性等各个要素，并协调好各要素间的关系，以确保易腐、生鲜食品在加工、运输和销售过程中保值增值。冷链所适用的食品范围包括蔬菜、肉类、水产品、奶制品和速冻食品等。