北京301医院拥有1个国家重点实验室、2个教育部重点实验室、9个北京市重点实验室，12个全军医学专业重点实验室，国家临床医学研究中心1个，国际联合研究中心1个，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。
令狐恩强从事消化病及消化内镜研究、临床、教学及保健工作，紧贴临床一线进行技术与理论创新。他提出的疾病分类、分型，被多个学会采纳写入指南。他定名和完善的消化内镜隧道技术，打破了传统内科和外科的界限，将一些原本由外科手术治 疗的疾病转为内窥镜下，且创伤极小、术后恢复快、费用低、疗效显著；他在消化管道深部脏器损伤治 疗方面处于世界领 先水平。
令狐恩强提出的诊断与治 疗一体的LDRf分型记录法，是全世界首 个覆盖全消化道的静脉曲张分型记录法，在全国使用；提出的肝移植术后ERCP胆管狭窄的A/B/C/D 分型法对胆管狭窄的治 疗具有一定的指导意义；提出的贲门失弛缓内镜下I/II/III分型法、与黏膜粘连度a/b/c/d/e/f分级法填补了国际空白，为消化内镜隧道技术的适应证与禁忌症的制定奠定了基础。
令狐恩强为中国逆行胰胆管造影（ERCP）规范的出台做出了积极的贡献，为中国消化道早癌的内镜下技术的完善与普及做了大量工作，为中国的内镜下早癌切除跻身世界先进行列做出了积极的贡献。