北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
目前，北京协和医院共有4个院区、总建筑面积62万余平方米，在编职工4300余人、两院院士3人、临床医技及平台科室59个、国家临床重点专科29个、科研平台6个、国家“双”建设学科5个、国家重点学科12个、一级学科博士学位授权点9个、继续医学教育基地6个、国家住院医师规范化培训专业基地21个、国家专科医师规范化培训试点基地8个。开放住院床位2000余张，2023年手术量7.3万例、年出院病人13万人次。先后获“全国文明单位”“全国卫生系统先进集体”“全国先进基层党组织”“全国抗击新冠肺炎先进集体”等称号。同时，医院还承担着支援欠发达地区、国家重要活动医疗保障和突发事件主力医疗队的重任。
在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。