保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
付款保函 付款保函是指，应买方或发包方的要求，银行向卖方或承包方出具的、保证买方履行商品、技术、专利或劳务合同项下的付款义务、或发包方按照承包工程进度支付工程款项的书面承诺。根据被担保的付款方式不同，可分为即期付款保函、延期付款保函、分期付款保函。
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，由委托人提供证据证明自己已履行基础合同义务，或受益人没有履行基础合同义务。在这种情况下，由委托人承担举证责任，如果委托人不能证明，则承担举证不能的不利后果，推定受益人的索赔成立，银行承担担保责任。
银行保函又称“银行保证书”、“银行信用保证书”，简称“保证书”，银行作为保证人向受益人开立的保证文件。银行保证被保证人未向受益人尽到某项义务时，则由银行承担保函中所规定的付款责任。保函内容根据具体交易的不同而多种多样，在形式上无一定的格式，对有关方面的权利和义务的规定、处理手续等未形成一定的惯例。遇有不同的解释时，只能就其文件本身内容所述来作具体解释。