胃肠肿瘤中心三病区是以消化道肿瘤为主要病种，特别是对结直肠肿瘤的，科室长期以来，坚持以“病人为中心”，消化道肿瘤，特别是综合方面积累了丰富的经验。科室主任顾晋教授现任中华肿瘤学会全国副主任委员，中国协会大肠癌专业委员会副主任委员，并为美国外科学院外籍会员（FACS）。在结直肠癌的方面积累了丰富的经验，科室坚持多学科联合查房，每周进行包括肿瘤影像，肿瘤内科及放疗科，病理科等多学科会诊，坚持为病人带来符合国际规范的综合。对胃癌的综合规范化也具有相当的经验。科室现有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师2名，高年医师均具有留学经历，大多具有博士、硕士学位。科室承担国家及省部级多项科研项目，每年在国际知名杂志上发表多篇专业论文。胃肠外二科注重瞄准国际消化外科发展前沿，与世界多个知名的结直肠外科中心建立联系，包括美国，法国，英国等多个国家的知名专家均曾多次莅临我科进行学术交流，胃肠外二科近年来所取得的成绩也得到国际同行的认可。
肿瘤妇科现有床位32张，医护人员20人，其中副主任医师以上医师3人，承担着医疗、教学和科研工作。
主要诊治妇科各种良、恶性肿瘤，包括卵巢、子宫体、宫颈、阴道和外阴的良恶性肿瘤等。开展全子宫切术、附件切除术、子宫广泛性切除及次广泛切除术、卵巢癌减瘤术、阴式子宫切除术、宫腔镜、腹腔镜手术及LEEP刀宫颈锥切术。以妇科肿瘤的综合为特色，强调个体化综合方案，擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。主要特色包括：
1. 擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。依据患者病情，合理地应用手术、化疗、放疗、介入和生物等手段，制定个体化方案，延长患者的生存期，提高患者的生活质量。
2. 顺应微创外科的潮流，积极开展微创手术，包括腹腔镜下广泛子宫切除、盆腔淋巴结清扫术、宫腔镜下肿瘤切除术、宫颈LEEP刀锥切术、子宫内膜热球、阴式子宫切除术等。在保证效果的同时，减轻患者的痛苦，缩短术后恢复时间。
3. 与肿瘤内、外科专业组密切合作，对消化道恶性肿瘤的卵巢转移以及乳腺癌内分泌后的妇科问题采取有力的措施进行，取得了一定的效果。
肿瘤妇科的全体医护人员继承老一代艰苦创业、科学求实的学风，坚持以病人为中心，规范医疗行为，保障医疗，降低医疗费用，提高医疗质量，以高水平的医疗技术和体贴周到的服务，让患者得到满意的效果。
日间化疗是指肿瘤患者白天住院化疗，晚上回家休息的医疗服务模式，随着我国肿瘤发病率的逐年增加，肿瘤相关医疗资源日趋紧张，在可自理的肿瘤患者中大力推行日间模式，既是提高患者生活质量的重要举措，更符合世界范围内肿瘤模式向日间医疗转化的大趋势。
2012年8月我院经过全院医疗资源的重新整合开设日间化疗病区，2013年6月正式面向全院收治日间门诊/住院患者，秉承“便捷、、、人文”和“以患者为中心”的理念，经过多年的探索和不断完善，已初步形成了一套成熟的日间诊疗模式。
我院手术室是为患者提供手术的外科临床平台科室，是北京大学肿瘤医院打造国际化肿瘤专科医院的重要战略支撑。现有24个手术间，每年开展2万余台各类恶性肿瘤手术，包括胃癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、食管癌、肝癌、腹膜后肿瘤、卵巢癌、胰腺癌、宫颈癌、前列腺癌、膀胱癌、肾癌、骨与软组织肿瘤、头颈肿瘤等各种常见及罕见的恶性肿瘤。依托于手术室先进设备及手术室护理团队多年经验，手术室护理团队可熟练配合各项肿瘤常规及复杂手术。团队在2D、3D、荧光腔镜、超声刀、Ligasure、ERBE等操作上具有丰富的临床经验;在术中超声设备、自体血回输设备、腹腔热灌注化疗设备、术中放疗、胸科磁导航设备、人工心肺机等配合使用上也富有经验。