北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
胃肠肿瘤中心三病区是以消化道肿瘤为主要病种，特别是对结直肠肿瘤的，科室长期以来，坚持以“病人为中心”，消化道肿瘤，特别是综合方面积累了丰富的经验。科室主任顾晋教授现任中华肿瘤学会全国副主任委员，中国协会大肠癌专业委员会副主任委员，并为美国外科学院外籍会员（FACS）。在结直肠癌的方面积累了丰富的经验，科室坚持多学科联合查房，每周进行包括肿瘤影像，肿瘤内科及放疗科，病理科等多学科会诊，坚持为病人带来符合国际规范的综合。对胃癌的综合规范化也具有相当的经验。科室现有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师2名，高年医师均具有留学经历，大多具有博士、硕士学位。科室承担国家及省部级多项科研项目，每年在国际知名杂志上发表多篇专业论文。胃肠外二科注重瞄准国际消化外科发展前沿，与世界多个知名的结直肠外科中心建立联系，包括美国，法国，英国等多个国家的知名专家均曾多次莅临我科进行学术交流，胃肠外二科近年来所取得的成绩也得到国际同行的认可。
乳腺肿瘤内科是以进展期乳腺癌诊治为主的专科临床科室，现有主任医师3名，副主任医师1名，主治医师5名，住院医师2名，临床护士20名，开放床位33张。科室以乳腺癌综合为重点，包括化疗、内分泌、靶向等，强调规范化基础上的个体化，尤其对于复发转移性乳腺癌的更有丰富的经验和独到的见解，诊治水平在国内享有盛誉，是NCCN乳腺癌指南中国版内科部分执笔人之一，主持和参与多项国内外临床试验。乳腺肿瘤内科近5年主持或参与完成了多项国家自然科学基金、国家973项目分课题、北京市新世纪百千万人才工程、首都医学发展科研基金、教育部高等学校博士学科点专项科研基金、北京市卫生系统高层次人才培养计划、国家“十二五”重大专项课题。发表文章百余篇，其中SCI文章三十余篇。
北京大学肿瘤医院胸部肿瘤内一科（原胸部肿瘤内科）是以肺癌诊治为主、具有深厚沉淀、传承并不断发展的研究型临床专科，多年来一直致力于中晚期肺癌规范化、个体化内科和多学科综合及相关转化研究。现有病床36张，医护人员30名。10名医生中高级职称医师6名，中级职称医师3名，初级职称医师1名，几乎所有医生均具有硕士或博士研究生学历，3人具有国内外博士后研究经历。护士队伍中，主管护师4名，护师8名，本科及以上学历8名。共同组成一支高素质、高学历、具有丰富临床和研究经验、充满蓬勃朝气和积极进取的医护团队，医教研综合实力达国内水平。