工程保函的办理方法：
1、直接在银行缴纳保证金，或是10%的担保金额，手续相对麻烦
2、找一家银行认可的担保公司做担保，只收取你一点担保费用，直接由他们去办理
如何避免出现纠纷？
合同条款明确：
在签订合同时，需要确保合同条款明确、清晰，以避免因合同条款不明确而导致的纠纷。
履约过程监督：
在履约过程中，需要对双方的履约情况进行监督和跟踪，及时问题并解决。
预付款保函一般设定为一种责任递减保函。当已完工程进度累计达到起扣点时，业主单位会在以后的每次中期付款时按一定比例回扣预付款，相对应预付款保函保证金额也应相应减少，所以承包商应及时向银行提供业主已扣回的预付款金额的有关证明文件，银行将据此核减相应金额，并将核减后的保证金额通知受益人。
(3)履约保函：主要是保证承包商履行合同业务。如果发生承包商违约事件，不能按质、按量、按期履行合同规定的义务，保函受益人有权凭保函向银行索偿其所受损失的赔偿金额。履约保函的金额一般按暂定合同价的10%(或受益人规定的固定金额)开具。履约保函的期限一般包括施工、竣工及缺陷维修全过程，业主的一般要求的履约保函期限是到质保期结束为止，个别业主也要求将其中质保期时间段另行出具质量保函。