预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
办理预付款保函需要5到10个工作日。
《人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》 第十一条
独立保函具有下列情形之一，当事人主张独立保函权利义务终止的，人民法院应予支持：
（一）独立保函载明的到期日或到期事件届至，受益人未提交符合独立保函要求的单据；
（二）独立保函项下的应付款项已经全部支付；
（三）独立保函的金额已减额至零；
（四）开立人收到受益人出具的免除独立保函项下付款义务的文件；
（五）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。独立保函具有前款权利义务终止的情形，受益人以其持有独立保函文本为由主张享有付款请求权的，人民法院不予支持。
如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
a．因为预付款保函的保证人即开立保函的银行承担的是性、直接的付款责任，所以我们要求出具保函的银行应是国际流的，信誉好的大银行，只有这样买方的利益才能得到保障。
b．出具保函的银行要和买方的转递银行或往来银行有代理关系，以便买方银行核对印鉴或密押以确定保函的真伪。