太阳能水泵系统全自动运行，无须人工值守；系统即发即用，发出的电直接驱动水泵工作，无需储电装置；采用永磁、直流无刷、无传感电机，相比传统电机，整体效率提升25%，同时大幅降低系统的建设和维护成本。
太阳能水泵控制器根据日照强度的变化调节水泵转速，使输出功率接近太阳电池阵列的功率；当日照很充足时，保证水泵的转速不超过额定转速；当日照不足时，根据设定运行频率是否满足，否则自动停止运行。
运行费用低：系统安装投运后无任何运行费用。基于25年使用时间计算，3年左右整体运行费用与柴油机成本持平。而随着电池板价格下降，油价上升，其单位成本持平年限会缩短。
在不同系统中使用的驱动电机也不同。在小于10阅Np功率等级的光伏水泵系统中,为获得尽可能高的系统效率,多采用直流无刷永磁电机驱动,在大型光伏水泵系统中,仍不乏采用交流异步传动方式者,但是由于近代控制技术的不断发展,为了进一步提高单位峰瓦提供的扬水量,己经开始有被多台水泵实现柔性控制的多机群控技术所替代的趋势。