高新技术企业专项审计，是依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。该报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

无论是研究开发费用，还是高新技术产品(服务)，在专项审计中都涉及高新技术的识别。注册会计师不是高新技术领域的专家，《专项审计指引》为此做了如下规定：

(1)恰当界定研究开发项目、高新技术产品(服务)的具体范围是申报企业的责任。

(2)申报企业技术负责人与企业法定代表人、财务负责人共同签署《管理当局声明书》。

但《专项审计指引》也规定，制定总体审计策略时，应当清楚地说明向具体审计领域调配的资源，包括就复杂的研究开发项目技术问题利用专家的工作。

1.申请企业自主选择第三方审计机构委托业务(基于对审计机构业务资质、服务团队、客户口碑的充分了解)；

2.审计代理公司与申请公司进行初步沟通了解，确定企业的审计目的和范围，再由审计公司对申请企业的审计风险进行专业评估；

3.评估通过后，双方签订正式的审计服务协议，明确审计费用、双方的权利和责任，并进行初步数据交接；

4.审计代理公司应当成立专门的项目组，向受委托企业发放高新技术企业专项审计所需材料清单；

5.申请人应根据资料清单准备相关审核材料；

6.审计代理公司审计工作组根据企业数据制定高新技术企业具体审计工作方案，为审计工作的实施打下良好基础；

7.与被审计企业确定现场审计时间并出具审计通知书；

8.审核员进入现场，审核企业提供的审核资料，对期间发现的审核问题进行详细记录，形成审核工作底稿；

9.审核审计工作底稿，并在此基础上形成初步意见；

10.与被审计企业交换审计意见；

11.在双方一致同意的基础上，为高新技术企业出具专项审计报告。