高新技术企业认定审计肯定是在高新技术企业的基础上才能去操作的，所以，想要申报高新技术企业认定审计，首先需要认定企业为高新技术企业。一定要先认定为高新技术企业，才能申报高新技术企业认定审计。

1、凡拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计；

2、由于高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年，期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。

所以凡拟向有关部门申请进行高新技术企业复审的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计。

因此，不管是初次申报还是复审，都需要进行高新技术企业认定专项审计。

申报明细表与年度财务报表相关联，是指企业近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的相关数据包含在已审计的年度财务报表中，两者适用的会计准则或会计制度是一致的，在相关会计政策、会计估计方面不存在差异。

与高新技术产品(服务)收入相关的内部控制包含在企业产品或服务的销售控制中，而如高新技术产品(服务)收入与研究开发激励或与销售奖励相关联时，企业一般会设计或增加相应的控制环节。注册会计师审计时，需要了解申报企业能否确保销售均已准确记录并对高新技术产品(服务)进行恰当分类。