高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

要求识别和评估申报明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上加以判断，比如，申报企业不能提供研究开发项目的相关计划与实施方案、研究开发记录，申报明细表整体上就可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是凌驾于内部控制制度之上时，很可能伪造或篡改编制申报明细表所依据的会计记录或相关文件。

在财务报表审计中，一般不专门提及与高新技术研究开发费用支出相关的内部控制。《专项审计指引》强调研究开发费用控制通常属于申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师在对研究开发费用控制进行了解时，需要考虑那些影响研究开发费用完整性、发生、准确性和分类的控制点。同时，《专项审计指引》给出了研究开发业务流程通常可能包括的主要活动，如立项和预算管理、人员管理、材料和设备管理以及结项管理等。

对于市场中的企业来说，其大多知晓企业申请成为高新技术企业的重要意义。并且，企业申请成为高新技术企业，具备诸多好处和优势。因此，很多符合条件和要求的企业，都会有着申请成为高新技术企业的意愿与诉求。而这，就需要开展高新技术企业审计。