高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

在财务报表审计中，一般不专门提及与高新技术研究开发费用支出相关的内部控制。《专项审计指引》强调研究开发费用控制通常属于申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师在对研究开发费用控制进行了解时，需要考虑那些影响研究开发费用完整性、发生、准确性和分类的控制点。同时，《专项审计指引》给出了研究开发业务流程通常可能包括的主要活动，如立项和预算管理、人员管理、材料和设备管理以及结项管理等。

基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表分别出具专项审计报告。

企业申请成为高新技术企业时，一般需要对高新技术企业进行专项审核，通过高新技术企业认证。企业开展此项审计活动，需要第三方审计机构出具高新技术企业专项审计报告。由于不同企业的业务做法不同，审计工作难度也存在一定差异。建议企业找专业的审计机构获取具体服务！