锦鲤主要观赏背面，所以选择上下较扁、剖面是扁椭圆形、整体呈纺锤形的，而色彩则根据培育目的来选择相应体色的亲鱼。例如，要培养红白锦鲤，就应从红白品系中选择健康的雌、雄鱼作亲鱼。如果在培养繁殖用锦鲤时，将不同品系亲鱼放在一口大鱼塘中任其自然繁殖，这样显然不能获得满意的结果。
可采用脱粘法孵化、流水孵化、网箱孵化等方法，但开始时水流可适当大些，当仔鱼孵出后，流速适当减少。 采用流水孵化法，要注意流速的控制。开始流速可大些，将附着鱼卵的鱼巢移入置于流水中的具有小网眼的卵化网箱里，流水的溶氧高，有利于鱼卵的孵化。当鱼卵孵出后，不断减少流量或置于静水中继续发育。
锦鲤人工授精的操作过程与金鱼的人工授精方法基本一致，只不过是锦鲤的个体较大，在做人工授精时要将亲鱼抱在手中，用一手握住鱼的尾柄，一手握住鱼的头下背脊处，腹部朝上成45度角，轻轻擦干体表，然后轻压雌鱼腹部，使卵子流入干燥的白色脸盆中。
红白系锦鲤中应淘汰红斑纹颜色淡的个体；黄金系锦鲤头部无光泽、鳞片覆盖不好、鱼体杂斑多、胸 鳍生长不好的个体均应淘汰。锦鲤在饲养过程中淘汰率很高：亲鱼产10万粒卵，获仔鱼6万尾～7万尾，夏花3万尾，经次挑选剩1.6万尾，到秋季越冬时只剩3600尾左右。