医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
阜外医院现有在职员工3833人，截至目前累计培养了院士6人，、省部级有突出贡献专家28人，享受政府津贴83人，中高级职称专业技术人员1709人。同时，阜外医院配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模态数字化手术室等与世界接轨的医疗科研设备。
丰厚的科研基础条件与科研平台
阜外医院拥有心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心2个研究平台，国家卫生健康委心血管临床研究重点实验室、国家卫生健康委心血管疾病再生医学重点实验室、心血管植入材料临床前研究评价北京市重点实验室、心血管疾病分子诊断北京市重点实验室4个省部级研究平台，以及中国医学科学院冠心病风险预测与研究重点实验室、中国医学科学院肺血管医学重点实验室、中国医学科学院心血管流行病学重点实验室等7个医科院级研究平台。
大步向前的科研成绩
建院68年来，阜外医院共斩获科研成果361项，其中国家科学进步奖（含全国科技大会奖）46项，部委级成果奖187项，获国家专利713项，发表学术论文14192篇,出版专著341部。自1998年至2023年SCI收录论文5403篇，全院发表在影响因子大于5的期刊（The Lancet《柳叶刀》、The New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》、Circulation《循环》杂志等）论文2075篇。牵头和参与了国家“七五”以来的心血管领域攻关项目126项和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”、“十四五”等重大项目，获得科研立项1805项。阜外医院心血管病学、心血管外科学连续十年名列年度学科榜单首位。心血管病学、心血管外科学名列五年总科技量值(ASTEM)榜单首位。